Il 6 agosto 1904, giorno in cui la liturgia celebra la festa della Trasfigurazione del Signore e che la spiritualità ortodossa chiama “Pasqua d’estate”, a sessant’anni circa di età e diciannove di vita religiosa, provata da fatiche fisiche e morali, Madre Francesca muore a Montevideo, dopo aver patito una breve e crudele malattia, nella casa di Belveder. Viene seppellita nel cimitero di Nuevo Paris, detto de La Teja, secondo le volontà da lei stessa espresse nel Testamento: «in mezzo ai suoi poveri». Le Suore presenti ricordavano che la notizia della morte della Madre «si sparse come un baleno e tutto il giorno, fino a tarda sera, vi fu una continua processione di persone […] che posarono le loro corone del Rosario sopra la Defunta e di nascosto tagliarono dei pezzettini d’abito con devozione». Madre Rubatto trasmette un’eredità umana e spirituale preziosa non solo per le sue sorelle, già arrivate a più di duecento religiose, ma anche per quanti ha consolato, consigliato, incontrato, servito ed aiutato in ogni modo e con tutte le sue forze. Lascia nove case in Italia, la maggior parte inaugurate da lei stessa, cinque case a Montevideo e altrettante in Argentina, senza tuttavia riuscire a veder approvate le Costituzioni per cui tanto si era spesa nei suoi brevi soggiorni in Italia. In una busta, da aprirsi solo dopo la sua morte, Madre Francesca ha racchiuso brevemente le sue ultime volontà da cui traspaiono alcuni di quegli intensi valori che hanno orientato la sua esistenza e la cui lettura sempre riesce a commuoverci.