Il riordinamento e l’inventariazione del patrimonio documentario presente nell’ASCG, ha consentito di individuare fondi distinti, ovvero documentazione non prodotta dalla Curia generale, bensì da singole Case ed opere dell’Istituto, in prevalenza italiane, per vari motivi chiuse o cessate, nonché da archivi propri delle prime due Madri generali, con documenti non afferenti al ruolo istituzionale. I documenti relativi agli archivi propri delle Case nell’”Ordinamento Villa” erano spesso conservati nel fascicolo della Casa aperto presso l’archivio corrente che la Segretaria generale, alla dismissione, versava nell’archivio di deposito. Almeno fino al 1972, anno in cui, con la decentralizzazione dell’Istituto, gli archivi delle Case chiuse confluivano negli archivi delle rispettive Curie provinciali, la documentazione si è sedimentata nella sede del Governo generale a Genova, sede condivisa poi con la Curia provinciale italiana fino al 2001. La documentazione dei fondi circoscrive complessivamente un arco cronologico racchiuso tra il 1884 e il 1978, pertanto l’ASCG conserva alcuni, pur se rari, documenti degli archivi propri di Case chiuse successivamente al 1972, ma al contempo non ne ha affatto di altre chiuse in antecedenza. Gli archivi, che per prassi avrebbero dovuto trasmettere almeno i libri amministrativi e la cronaca, nella maggior parte dei casi hanno subito significativi scarti, oltre ad essere stati smembrati soprattutto per quel che riguarda la corrispondenza ufficiale della Superiora.
A partire dal 1926 fino al 1950 l’attività delle Terziarie italiane, sollecitata ed intensamente richiesta da sacerdoti di località rurali, si concentra sugli asili e scuole elementari parrocchiali: Ponteranica (1926), Pasturo e Corgeno (1927), Balestrino (1929), Boissano (1960), Clivio (1934), Avolasca (1935), Nasino (1943), Martina urbe (1945), Biumo (1947) e Giustenice (1949). Dalla maggior parte di essi le Suore sono presto ritirate per la necessità di personale richiesto dalla missione di Harar, altri sopravvivono per poco al dopoguerra e la carenza di nuove vocazioni conduce alla chiusura definitiva quelli rimasti. Molta documentazione, tra i fondi minori, appartiene a quella prodotta durante queste particolari attività che, esaurite in Italia, sono invece state sviluppate all'estero, al tal punto da essere caratterizzanti delle Cappuccine presenti in Africa e in Brasile.
Anche se già prima della guerra le Cappuccine vi prestavano servizio (nel 1927 con la clinica “Prof. Moro” di Ventimiglia, nel 1934 con la clinica “Villa salus” di Bergamo e nel 1943 con la clinica “Prof. Noto”, sempre a Bergamo), è soprattutto nel dopoguerra, a volte rilevando le strutture degli ospedali militari dismessi, che si aprono numerose cliniche private. Erano i direttori, spesso medici di una qualche rinomanza, a chiedere agli Istituti religiosi più che infermiere professionali, suore che vi dirigessero il personale e svolgessero attività amministrative. Pur iniziando a soffrire carenze di nuove leve, l’Istituto accetta il servizio per le cliniche “Salus” di Albenga e “Villa Igea” di Sanremo (1946), di “Santa Lucia” di Savona (1947) e dell’”Istituto materno” di Roma (1951), che però nell’arco di qualche anno va esaurendosi o per il ritiro delle Suore o perché (come nel caso di Bergamo) è l’Istituto a divertarne titolare e quindi a cambiarne la configurazione giuridica. Anche questi archivi, poveri sia per la brevità del servizio, sia perché non si trattava di una Casa religiosa, ma essenzialmente di fraternità di non più di tre Suore ‘ospitate’ nella clinica, sono confluiti nell’ASCG dopo aver subito pesanti scarti.

Un discorso a parte meritano alcuni fondi americani di limitata consistenza, di una o al massimo due unità documentarie, che giuridicamente non appartengono all’ASCG, bensì alle Province, ma vi sono conservati perché Madre Romana Villa, supponiamo con l’obiettivo di farne oggetto di studi storici, per sottrarli a scarti sconsiderati o ad una cattiva conservazione, ha ritenuto opportuno trasferirli in Italia negli anni '80 (come si desume da una sua nota allegata a un documento relativo alla Casa di Sastre).